为保证棉花良好的生长棉花种子质量一定要过关。以下九类棉种是不可用的，选种播种时要注意。
一、伏前桃和晚秋桃棉籽。伏前桃和晚秋桃生长发育不良，成熟度差，铃重轻，种子发芽率低，长势脆弱。
二、剥桃花的棉籽。有些棉农对发育较为充分的伏桃，仍然有抢墒剥桃花的陋习。凡剥桃花的棉籽，由于没充分成熟，更没有完成后熟作用，一定不可以推向市场。
三、喷施了乙烯利的棉籽。喷施乙烯利虽可促棉花早熟3-4天，但对棉籽损伤较大，致使发育不全，不能做种。
四、感病严重的棉籽。枯、黄萎病是制约棉花产量的顽症之一，棉籽又是病菌的载体。病菌可以随着棉籽迅速传播。因此，枯、黄萎病严重地区的棉种，不能调入感病轻的棉区，更不能调入无病棉区。
五、机械损伤过重的棉籽。精加工的包衣棉种中，机械损伤率应控制在2%以内。破籽率超过2%以上的棉籽，受药物浸染过重，对发芽率影响很大，破籽率过高就不宜于作种用。
六、退化严重的品种。棉花是异交作物，异交率在8%左右，有些棉农多年没有更换新的品种，棉种纯度只有70-80%，品质退化严重，接着使用必将导致减产，品质下降。
七、与农药、化肥一起存放的棉籽。有些农户将棉籽与农药、化肥长期存放于一个仓库且通气不良，由于农药、化肥散发的有毒气体损伤棉籽正常的生理，造成发芽率锐减。
八、储存年代过久的棉籽。棉种存放半年一般发芽率在80%以上，在无低温冷藏设备的情况下，棉种的寿命与储存年代呈负面增长。
九、水泥晒场上晒过的棉籽。在水泥晒场上晒含水量较高的棉籽，由于呼吸强度旺盛，造成棉种生理机能失调，部分棉籽形成哑籽，失去发芽能力。
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