一看规整度。混有其他稻谷的杂交水稻种子粒型不规整，混入的父本和其他籼稻，显着比杂交水稻种子细长丰满，粳稻谷则较圆。
二看谷壳色，杂交水稻种子谷壳上略带不均匀的黄褐色等生理性杂色，而父本保持系谷粒色彩较为一致，保持系和其他稠浊谷粒比杂交水稻种子透明度高，谷壳比杂交水稻种子润滑。
三看柱头痕迹，非杂交水稻谷粒因多归于自花授粉，雌蕊柱头痕迹遗留在谷壳内部，剥开谷壳在米粒顶部可见一点浅黑色的柱头痕。而杂交种属异花授粉，柱头显露，仔细观察谷粒内外稃缝隙中心，可发现一点不显着的黑色柱头痕迹，这是辨认杂交水稻种子和其他稻粒的重要依据。
四看染色，测定办法是把稻谷壳胚部纵切成两半，取每粒的一半洗净放入稀释成60倍液的红墨水中浸渍，1小时后取出用清水冲刷，假如种胚没染色或染色较浅，证明种子有生命力；若染色较深，证明种子已损失生机。这样便可辨认出杂交种子里不发芽的蜕变种子。
五看种子净度，用手抄一下种子，十指沾有细粉状物，证明种子纯净度达不到国家规定的规范（99％）。
六看种子水分含量，简洁的办法是用牙咬谷粒，如有尖脆响声，则含有量根本正常；若无尖脆声或谷粒断面不规整，则种子含水量一般高于正常规范（13%）。
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